Pondok Pesantren atau Ma’had Tahfidzul Qur’an Muhammadiyah Ali Bin Abi Thalib Seyegan ini merupakan pengembangan dari Panti Asuhan Muhammadiyah Seyegan yang telah berdiri sejak tahun 2006. Dalam upaya membekali para lulusan dari Panti Asuhan Muhammadiyah dengan ilmu agama Islam (Hafalan Qur’an, Hadits, ilmu dakwah, bahasa Arab, Sejarah islam, dan kemuhammadiyaan), PRM Margoagung bersama dengan PCM Seyegan dan Panti Asuhan Muhammadiyah Seyegan mendirikan Pondok Pesantren Tahfidzul Qur’an Muhammadiyah Ali Bin Abi Thalib Seyegan.Pondok Pesantren ini dikukuhkan keberadaannya dengan Surat Keputusan (SK) Pimpinan Cabang Muhammadiyah Seyegan Nomor 39/Kep/Iv.O/B/2024 Tentang Pengesahan Pendirian Ma’had Tahfidzul Qur’an Muhammadiyah Ali Bin Abi Thalib Seyegan dan Pengangkatan Pengurus Pondok Periode 2024- 2029.
